神奇宝贝拥有动画、漫画、游戏等多个不同版本，每个版本的故事各有不同。
在动画版中，由于是给小孩子看的缘故，整体氛围显得非常和谐，人与人之间的关系也显得相对单纯，就连所谓的反派火箭队，也显得异常可爱，可爱而又迷人的反派角色，说的正是他们几个，虽然一直在做坏事，但怎么也让人恨不起来。
不过即便如此，整个神奇宝贝世界也并非多么温情，通过观看同系列的剧场版可知，这个世界的阴暗面还是有的，动画剧情当中也若有若无提点到过。
比如说大木博士说小智的大钳蟹不好吃，大葱鸭的介绍说那是一道美食，类似超梦这样的禁忌研究，还有许多其他类似的事情，其实都隐隐揭示了整个世界的阴暗面。
而在漫画版本之中，整体氛围就显得更加黑暗了，其中光死掉的人类和神奇宝贝就不在少数，而且漫画版中的力量层次更高，就连创世神阿尔宙斯都被火箭队捉到过。
至于游戏版本嘛，基本上介于两者之间，主要以趣味和娱乐性为主，毕竟是游戏嘛！
主角萧乾参加的这个神奇宝贝进修班世界，正是以动画版为主的，相对和谐的那个版本！