政府将东京西区开发较慢的区域一次全部收购后，建立起这座“学园都市”，面积约东京都的三分之一。这个“学校之城”包含了数十所大学与数百所小学、初中及高中，总共有一千个以上的大小“研究机构”。人口将近230万，八成的居民（超过一百八十万）都是学生。“学园都市”拥有世界上最尖端的科技，比外界先进二三十年，是科学世界的领导者。
学园都市的学生，接受的不是语文数学，不是物理化学，而是——超能力。所有的学生，都会通过超能力开发，而开发的方式包括药物，催眠术，通电刺激等等，被开发的超能力被分为五个等级——lv0无能力者，lv1低能力者，lv2异能力者，lv3强能力者，lv4大能力者，和lv5超能力者。一个街道上。
路人们走在路上，忽然都听到，空中传来一个巨大的喊声——“啊——”拖着长长的尾音，一个人从空中摔到了地上，在地上砸出一个黑色的人形坑……路人们汗……然后，从这个坑中居然还传出了声音——“小赤！为什么把我直接扔到空中啊！”……